Este Colegio fue fundado por la comunidad parroquial de Santiago Apóstol, con la pertinente autorización de Monseñor Doctor Miguel Raspanti, para que sea un servicio de la Parroquia a las necesidades educacionales y catequísticas de los hijos de las familias de la Parroquia; también, como instrumento evangelizador y catequístico para los niños de los Barrios que constituían la Parroquia en esos tiempos (todo Haedo Norte), conforme con los criterios pastorales del mismo Mons. Raspanti. La tarea fue asumida por la comunidad parroquial, presidida y animada por el R.P. Fabio Bau C.S, con el visto bueno de la Congregación de la Pía Sociedad de los Misioneros de San Carlos Borromeo, que aceptaron, junto con el servicio brindado desde la Parroquia Santiago Apóstol, acompañar el estilo pastoral de la Iglesia Diocesana, ya que el Sr. Obispo había confiado el servicio pastoral de la Parroquia, porción de esta Iglesia Diocesana, a dicha Pía Sociedad. El Colegio Parroquial tuvo su incipiente, pero firme nacimiento, el 21 de abril de 1960 con la apertura del Jardín de Infantes Peter Pan, del que fue su directora y cofundadora la señora Laonarda de Folgueira. En 1961, se contaba ya con tres aulas para la sección primaria y se aprobó el actual nombre, San Carlos Borromeo. En 1968, inició sus actividades el nivel Secundario. En noviembre de 2005, el Obispado de Morón vuelve a asumir la responsabilidad pastoral de la Parroquia y por tanto, del Colegio. A partir del inicio del ciclo lectivo del año 2006 comienza una nueva etapa que a la fecha se mantiene.